Войти капеллу Блаженного Луки можно через северную стену капеллы «Черной Богородицы». Блаженный Лука из Падуи был учеником и другом Святого Антония, а после его смерти – продолжателем дел Святого и, скорее всего, стал организатором строительства этой базилики.
Красивый алтарь относится к XIII веку. Фрески работы Giusto de' Menabuoi (1382) недавно полностью восстановлены. На центральной фреске изображена Дева Мария между святыми монахами-францисканцами; на фресках вокруг алтаря – эпизоды заступничества блаженного Луки и некоторые сюжеты из «Золотой легенды», повествующие об апостолах Филиппе и Якове.
В капелле находятся мощи блаженного Луки.