Sant'Antonio venne sepolto a Padova, nella chiesetta di santa Maria Mater Domini, rifugio spirituale del Santo nei periodi di intensa attività apostolica, il martedì 17 giugno 1231. Al termine dei festosi funerali, il corpo del Santo venne sepolto nella chiesetta del conventino francescano della città. Probabilmente non interrato, ma anzi un po’ sopraelevato, in maniera che i devoti, sempre più frequenti e numerosi, potessero toccarne l’arca-tomba.

La più importante ricognizione e traslazione avvenne l’8 aprile 1263, quando, terminata una fase decisiva della costruzione della nuova chiesa, si procedette a trasferirvi il venerato corpo.

San Bonaventura da Bagnoregio, allora superiore generale dei francescani, presiedette la cerimonia.

Nell’esaminare i sacri resti, prima di riporli in una nuova cassa di legno, si accorse che la lingua del Santo era rimasta incorrotta.

A tale scoperta Bonaventura esclamò:
"O lingua benedetta, che sempre hai benedetto il Signore e l’hai fatto benedire dagli altri, ora si manifestano a tutti i grandi meriti che hai acquistato presso Dio".

In quell’occasione l’arca con i resti mortali del Santo venne collocata probabilmente al centro del transetto, sotto l’attuale cupola conica (detta dell’Angelo), davanti al presbiterio.