Francesco ha lasciato come testamento ai suoi frati che amino la Chiesa e "siano fedeli sudditi dei prelati e chierici della santa romana chiesa", ribadendo che lui "vuole temere, amare e onorare come suoi signori" tutti i sacerdoti, anche quelli poverelli e peccatori.
In Francesco non si trova mai una sola parola di contestazione o di critica o di rimprovero verso gli uomini di chiesa. In loro "vede il Figlio di Dio" e basta! Questo amore filiale per la Chiesa vuole nei suoi frati.

Anche sotto questo aspetto Antonio è "francescano". Ama la Chiesa e si mette totalmente a sua disposizione. La Chiesa, per lui, è la famiglia in cui i credenti hanno vita: "Chi vuol possedere Dio e trovare la via sicura dell'intimità con Lui deve rimanere nella sua famiglia, fare vita di famiglia, perché in essa i rapporti con il padre celeste e con i fratelli si compiono nella fede e nell'amore". Questo amore per la Chiesa urge nel cuore del Santo e lo spinge alle fatiche dell'evangelizzazione. Tale amore, però, è vissuto da lui con il suo proprio temperamento e se in Francesco esso si esprime come venerazione filiale e sottomessa verso la gerarchia, in Antonio diventa anche rimprovero forte e shockante.
Il Santo non risparmia la parola dura e tagliente agli uomini di chiesa che non rappresentano degnamente Cristo Gesù, siano essi semplici preti e religiosi o vescovi e cardinali: "Le vedette della Chiesa sono tutte cieche, prive della luce della vita e della scienza, cani muti, incapaci di latrare. Vendono fantasmi giacché predicano per denaro.. Arcivescovi, vescovi e prelati della Chiesa vanno e vengono comprano e vendono e rivendono la verità con menzogne e opprimono la giustizia con simonie.. La famiglia dei fedeli si separa dalla stabilità della fede e dalla sanità della vita a causa dell'esempio dei prelati malvagi ..". È l'amore per la Chiesa, è lo zelo per la salvezza dei fratelli che mettono sulle labbra di Antonio parole di fuoco, che bruciano e incidono sul vivo, provocando spesso la conversione e il ravvedimento, e fanno di lui il profeta franco e libero. Il cuore di Antonio pulsa all'unisono con quello di Gesù e l'amarezza del Signore di fronte alla durezza di cuore dei farisei è la sua stessa amarezza: "Ahimè, oggi se casca un'asina, c'è chi la tira su; perisce un'anima e non c'è chi le porti aiuto!".