Antonio teologo, debitore a sant'Agostino nel pensiero, però molto personale e originale, sa congiungere la luce dell'intelligenza e l'affetto del cuore, la ricerca della speculazione con l'esercizio della virtù, lo studio con la preghiera, come intendeva il suo serafico Padre.

Questo metodo, così saggiamente introdotto nelle scuole del santo, più tardi sarà riconosciuto da san Bonaventura come proprio dell'Ordine francescano.

Raggiunta la verità per mezzo della fede, Antonio, sulla scia di Agostino e di Anselmo, impegna incessantemente la ragione per "capire", per cogliere la verità abbracciata e amata mediante il dono della fede (fides quaerens intellectum). Credere per il santo non è un abbandonarsi nirvanico, ma è accettazione di un continuo dialettico dialogo tra fede e ragione, tra l'uomo e Dio.

  Antonio teologo resta l'Antonio della profonda esigenza razionale, ma è anche l'Antonio migliore. Da una parte l'esigenza di una razionalità logica si apre alla pura gratuità della grazia che rivela e salva l'uomo; dall'altra la razionalità di Antonio si esprime in entusiasmo, in ammirazione, in emozione, secondo la più genuina tradizione della teologia monastica e di san Bernardo.

La speculazione mistica antoniana è, come la definisce lo stesso santo, una conversazione o speculazione sottile sopra le verità celesti, tradotte in desiderio e aspirazione di Dio; l'atto che permette al giusto di elevarsi verso l'orizzonte della realtà di Dio. Un Dio che non è quello filosofico, ma il Dio della storia reale dell'uomo, sospesa tra il peccato e la grazia, tra la salvezza e la perdizione, tra l'odio e l'amore; ma nella quale la grazia, la salvezza e l'amore sono la realtà che veramente conta e ha peso.

Antonio amava meditare su Dio non per un esercizio puramente intellettuale. Lo attesta il grido "Video Dominum meum", che metteva come il sigillo a tutta la sua vita. Dio è l'ideale verso il quale era tesa tutta la sua vita.